A tradição universitária do sistema federativo da Universidade Amílcar Cabral surgiu da "Escola de Habilitação de Professores do Posto de Bolama General Arnaldo Sachutz", instituída pelo decreto-lei 45908, de 10 de setembro de 1964, com funcionamento pleno a partir de 13 de fevereiro de 1967. Já em 1975 tornou-se a Escola Nacional Amílcar Cabral. Em 1972 já havia surgido a Escola de Magistério Primário de Bissau, que se tornaria, em 1975, a Escola Nacional 17 de Fevereiro. O ano de 1979 viria trazer uma explosão da oferta de ensino com a abertura da Escola de Direito (atual Faculdade de Direito de Bissau), a Escola Normal Superior Tchico Té (primeira a verdadeiramente ofertar ensino superior, em 1983-84) e a Escola Nacional de Educação Física e dos Desportos. O Centro de Formação Administrativa (atual Escola Nacional de Administração) foi inaugurado em 1982 e a Faculdade de Medicina só surgiria em 1986.
A UAC goza de uma personalidade jurídica e de uma autonomia administrativa e financeira patrimonial.